Второй этап будет иметь место уже в 2016 году, что не преминул отметить Сергей Лёвкин, глава столичного Департамента градостроительной политики. Он также уточнил, что ко второму этапу реновации можно будет приступить только тогда, когда соответствующие правки будут внесены в федеральное законодательство.

На втором этапе планируется снос старого жилья и строительство нового, но деньги на это из бюджета Москвы выделяться уже не будут. Каждый дом, подлежащий сносу, будет выставлен на аукцион, с победителем аукциона будет заключён специальный договор, и он будет уже реорганизовывать эту территорию за счёт собственных или привлечённых средств.

Известно, что административных и офисных зданий эта программа не коснётся.